Loonkostensubsidie dient voor werkgevers die een werknemer in dienst hebben met een arbeidsbeperking (doelgroepenregister), deze vergoedt het verschil tussen loonwaarde en minimumloon, met als maximum 70% van het minimumloon. Ook kan de gemeente in overleg met de werkgever voor maximaal de eerste zes maanden een loonkostensubsidie van 50% van het minimumloon inzetten (forfaitair), om mensen snel te kunnen plaatsen.
Werknemers met een arbeidsbeperking kunnen niet altijd het minimumloon verdienen. Bijvoorbeeld als de werknemer minder productief is dan een werknemer zonder beperking. Met loonkostensubsidie ontvangt de werknemer het reguliere salaris en de werkgever wordt gecompenseerd voor de verminderde productiviteit. Pernu draagt zorg voor de aanvraag en verlenging van de loonkostensubsidie.